Realizacja elektronicznego obiegu faktur kosztowych to jedno z najbardziej popularnych wymagań stawianych systemom DMS. Polega na przeprowadzeniu procesu akceptacji faktur zakupowych przez poszczególnych pracowników zwanych czasem "cost-ownerami" w systemie przy użyciu odpowiednich formularzy.
Często wiąże się z tym procesem odpowiednia logika wpływająca na kształt tego obiegu np. faktury powyżej 500 zł muszą posiadać akceptację Prezesa, pozostałe mogą być akceptowane przez Dyrektorów.
W systemie eDokumenty do obiegu faktur kosztowych używana jest dokument typu "Faktura". Poniżej przedstawiony został przykładowy proces obiegu takiej faktury.
| Pracownik/Rola | Czynność | Zapis w systemie |
| Sekretariat | Rejestracja dokumentu, skanowanie, opis pól | Dokument Faktura |
| Prezes | Akceptacja | Zapis w komentarzu faktury "AKCEPTUJĘ" |
| Dyrektorzy | Akceptacja kosztowa | Zapis na zakładce Koszty faktury |
| Księgowość | Weryfikacja i zatwierdzenie kosztów | Zmiana statusu na ZATWIERDZONY |
| Księgowość | Eksport dekretów | Wynikiem jest zewnętrzny plik oraz zapis statusu "WYEKSPORTOWANO" oraz daty eksportu |
Dzięki odpowiednim słownikom koszty mogą być rozpisane pod względem
Poniżej przykładowy wygląd zaakceptowanej faktury.