Po zainstalowaniu systemu należy przejść do jego konfiguracji. W ramach konfiguracji najważniejsze czynności to:
Podczas każdej z tych czynności powinniśmy móc posłużyć się dokumentami utworzonymi podczas analizy: Wywiadem przedwdrożeniowym i Analizą wymagań/przedwdrożeniową.
Utworzenie poprawnej struktury organizacyjnej powinno być zadaniem prostym jeżeli otrzymaliśmy od klienta diagram opisujący tą strukturę. Wówczas w formie drzewa należy odwzorować dostarczony diagram. Należy przy tym zwrócić uwagę na to aby w miejscach przechowywania dokumentów - czyli najczęściej w działach oznaczyć te jednostki jako "Repozytorium".
Trudniej jest jeżeli firma nie jest duża i podział strukturalny nie jest dokładnie zdefiniowany.